Bioinformatiker inom cancergenomik till GMCK

Vi söker nu flera bioinformatiker för att stärka den pågående implementeringen av storskalig DNA-sekvensering inom den molekylära precisionsdiagnostiken inom cancer. Vi rekryterar till två olika inriktningar: pipeline- och metodutveckling samt varianttolkning. Kom och arbeta hos oss med den senaste tekniken på ett av världens mest avancerade sjukhus! Du erbjuds ett meningsfullt arbete där ditt arbete direkt påverkar patientvården möjlighet att växa i ett tvärvetenskapligt team, ha flexibla arbetstider och möjlighet till hybridarbete stöd för fortbildning och professionell utveckling, samt har en inkluderande kultur som värdesätter öppenhet, mångfald och respekt en möjlighet att arbeta på ett av världens bästa sjukhus med vård i framkant. Om tjänsten Tjänsten är placerad vid Genomic Medicine Center Karolinska (GMCK), som är en del av Medicinsk diagnostik Karolinska (MDK). GMCK ansvarar för att tillhandahålla storskaliga och avancerade genomikanalyser till samtliga laboratoriemedicinska specialiteter inom MDK. Vårt uppdrag är att möjliggöra precisionsdiagnostik genom högkvalitativa genetiska analyser med fokus på klinisk relevans och teknisk spetskompetens. Du blir en nyckelperson i ett multidisciplinärt team där du arbetar nära läkare, molekylärbiologer, bioinformatiker och mjukvaruutvecklare – både inom sjukhuset och i samarbete med Clinical Genomics vid Science for Life Laboratory (SciLifeLab) samt forskargrupper vid Karolinska Institutet. Med hjälp av den senaste tekniken för storskalig DNA-sekvensering bidrar du till att ta fram träffsäkra molekylära diagnoser som gör verklig skillnad för patienterna. I rollen kommer du bland annat att: För alla roller: samarbeta tätt med specialister på lab, kliniker och forskare för att förstå behov, prioritera utveckling och säkerställa klinisk relevans validera analysflöden och säkerställa att de uppfyller regulatoriska krav för klinisk användning bidra till kontinuerlig förbättring, kunskapsdelning och innovation i en stöttande, tvärvetenskaplig miljö delta i nationella och internationella samarbeten, såsom Genomic Medicine Sweden Pipeline-och metodutveckling: utveckla och underhålla bioinformatiska pipelines för cancerdiagnostik  utveckla nya bioinformatiska analyser inom genomik-baserad cancerdiagnostik Varianttolkning: analysera och rapportera olika typer av genomikanalyser i samarbete med klinisk patologi tolka somatiska varianter för diagnostiska ändamål Vi söker dig som är självständig, initiativtagande och har ett strukturerat arbetssätt trivs med att samarbeta i team och har lätt för att bygga goda relationer har en stark teknisk förståelse för bioinformatik inom genomik och ett genuint intresse för att bidra till framtidens diagnostik inom cancer. Vi tror att mångfald av erfarenheter och perspektiv stärker vårt team och driver innovation. Även om du inte uppfyller alla krav nedan uppmuntrar vi dig att söka om du har rätt driv, kompetens och vilja att lära. Kvalifikationer Generella krav: Magister eller ingenjörsexamen i bioinformatik, datavetenskap, bioteknik, biomedicin, cell biologi eller motsvarande högskoleutbildning Erfarenhet av bioinformatik kopplat till storskalig DNA-sekvensering (NGS)  Mycket god förmåga att uttrycka dig på engelska, både i tal och skrift Ytterligare krav för pipeline och metodutveckling: Goda programmeringskunskaper i Python  Goda kunskaper i Linux  Erfarenhet av versionshantering (t.ex. Git)  Erfarenhet av Nextflow eller Snakemake eller motsvarande  Ytterligare krav för varianttolkning: Mycket god förståelse för cancergenomik och cancerbiologi Kunskap om verktyg för variantannotering och klinisk tolkning Meriterande kvalifikationer: God förståelse för cancergenomik och cancerbiologi Kunskap om verktyg för variantannotering och klinisk tolkning Doktorsexamen inom bioinformatik, bioteknik, medicin eller liknande område Erfarenhet av containertekniker (Docker, Singularity, Podman)  Erfarenhet av arbete i HPC-miljöer (High Performance Computing) Erfarenhet av automatiserad testning, CI och strukturerad kod Erfarenhet av statistisk analys, dataanalys och experimentell design Tidigare arbete inom vård, folkhälsa eller regulatoriska miljöer God förmåga att uttrycka dig på svenska, både i tal och skrift Om rekryteringsprocessen I samband med din ansökan behöver du bifoga CV. Istället för ett personligt brev ber vi dig besvara urvalsfrågor samt kort motivera varför du passar för rollen. Att besvara frågorna är en förutsättning för att din ansökan ska anses komplett. Varmt välkommen med din ansökan - Tillsammans är vi Karolinska! Att söka jobb i Region Stockholm Vi eftersträvar jämställdhet och jämlikhet på vår arbetsplats och ser gärna sökande med olika bakgrund och förutsättningar. Vi tar endast emot ansökningar via detta system. Ansök genom att klicka på knappen ”Ansök”. Ansökningar per brev eller e-post beaktas inte. Vi undanber oss direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt säljare av ytterligare jobbannonser. Vårt rekryteringssystem kan inte hantera anonyma ansökningar eller sökande med skyddade personuppgifter. Om du har skyddade personuppgifter ber vi dig att kontakta den kontaktpersonen som finns angiven i annonsen. Din ansökan kommer då att hanteras utanför rekryteringssystemet. Du bör även vara försiktig med vilken information du lämnar i din ansökan och endast ta med information som är relevant för den aktuella befattningen. Region Stockholm ansvarar för hälso- och sjukvård, kollektivtrafik, regional utveckling och bidrar till kulturlivet. Varje dag, dygnet runt. I landets snabbaste växande region. Tillsammans skapar vi Europas attraktivaste storstadsregion. https://www.regionstockholm.se/jobb